Fermentatsioonitehnoloogia õppeaine koosneb kahest moodulist: 

1. Toidutehnoloogilised kääritusprotsessid. Siin antakse ülevaade erinevate toidu kääritusprotsesside tehnoloogiatest (õlu, vein, äädikas, idamaised kääritatud toiduained), samuti ka starterkultuuride kasutamisest kaasaegsete toidu kääritusprotsesside läbiviimisel.   

2. Rakkude kultiveerimisprotsessid. Siin antakse ülevaade põhilisetest mikroobirakkude kultiveerimisprotsesside tehnoloogiatest (batch, fedbatch, läbivoolukultuurid), mis on kasutuses biotehnoloogilistes protsessides. 

Mõlemates moodulites viiakse läbi ka praktilise suunitlusega arvutusülesandeid ning laboratoorseid töid.