Kursus: LKK0090 Arvutuskeemia (Kevad 2025)

Kursus: LKK0090 Arvutuskeemia (Kevad 2025) | Moodle

Ava kõik

Sulge kõik
Kasutusjuhend: jaotise nimele klõpsates jaotis kuvatakse/peidetakse.

Üldinfo
- Aine kirjeldus, hindamine, jm Lehekülg
- Ajakava (võib semestri vältel muutuda) URL
- Õppejõu teadaanded Foorum
- Üldfoorum
  
  Üldfoorumis saab arutleda nii korralduslike kui sisuliste küsimuste üle.
- Teamsi ja Moodle võtmed Lehekülg
  
  Saadaval kuni 17. veebruar 2025, 23.55
Arvutiklassi ja kaugtöö juhendmaterjalid
1. Sissejuhatus
- Slaidid: sissejuhatus URL
2. Keemilise sideme katkemine kvantkeemias
- Loenguvideo (osa 1, 27 min) URL
- Loenguvideo (osa 2, 16 min) URL
- Loenguvideo (osa 3, 17 min) URL
- Loenguslaidid: sideme katkemine (kõik 3 osa ühes failis) URL
- Test "Sideme katkemine"
  
  Tähtaeg: 16.02.2025.
- Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry (3rd ed) - E-book URL
  
  Ligipääs ülikooli sisevõrgust või ülikooli VPN'i kaudu.
3. Poolempiirilised meetodid
4. Molekulaarmehaanika
- Loenguvideo (45 min, Youtube) URL
- Video taustaslaidid URL
- Test "Molekulaarmehaanika"
  
  Tähtaeg:05.03.2025.
5. Lainefunktsiooni analüüs
- Loenguvideo (50 min, Youtube) URL
- Lainefunktsiooni analüüs (loenguslaidid) URL
- Test "Lainefunktsiooni analüüs"
  
  Tähtaeg: 11.03.2025
6. Molekulide omadused
- Molekulide omadused URL
- Loenguvideo (38 min, Youtube) URL
- Test "Molekulide omadused"
  
  Tähtaeg: 16.03.2025
7. Molekulikogumite modelleerimine
Praktikum 1: Kaugtöö vahendid ja võtted
- Praktikumi 1 juhend URL
- Soovitatavad vahendid ssh protokolli kasutades eemalolevasse arvutisse sisse logimiseks (näit. putty), graafilise pildi edastamiseks X protokolli kaudu (näit Xming) ning failide liigutamiseks Teie arvuti ja eemalasuva arvuti vahel (näit winscp).
  MacOs arvutitesse võite installeerida XQuartz'i (www.xquartz.org).
  Aja kokkuhoiuks soovitan installeerida need enne esimest praktikumi!
- Putty: https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ URL
- Xming: https://sourceforge.net/projects/xming/ URL
- WinSCP: https://winscp.net/eng/download.php URL
  
  Jälgige, et vajutate õigele allalaadimise nupule, mitte mõnele paljudest reklaamidest sellel lehel, mis võivad installeerida Teie arvutisse suvalist kõrvalist tarkvara!
- Täiendavad vahendid, mille olemasolu teeb kursusel osalemise mugavamaks ja lihtsamaks. Võite ka ise lisaks otsida erinevaid molekulide redigeerimise ja visualiseerimise vahendeid.
- Molden: https://www.theochem.ru.nl/molden/ URL
- Avogadro: https://avogadro.cc/ URL
- Rasmol : http://www.openrasmol.org/ URL
Praktikum 2: pöörlemine üksik- ja kaksiksideme ümber
- Praktikumi 2 juhend URL
Praktikum 3: aktiveeritud oleku leidmine
- Praktikumi 3 juhend URL
Praktikum 4-5: sideme katkemise ja reaktsioonitee modelleerimine
- Praktikumi 4-5 juhend URL
Ettepanek ainetööks
Kirjeldage oma senist teadustööd (tulevast lõputööd) või muud huvipakkuvat teemat, millega soovite ainetöö seostada. Juhul, kui Teil endal puudub idee, kuidas teemat arvutustega seostada, lisage juurde viiteid oma laboritöös kasutatavatele ainetele, meetoditele, jne, mis aitaksid õppejõul sobiva teema välja pakkuda.
- Koht ettepaneku üles laadimiseks Ülesanne
  
  Esmase ettepaneku tähtaeg: 16. veebruar kell 23:59. Teksti võib kirjutada avanevasse lahtrisse või laadida üles failina (docx, odt, pdf). Soovi korral võib lisada täiendavaid faile (teadusartikkel, käsikiri, vmt) - kokku kuni 3 faili.
  Täiendava materjali (kui õppejõud seda küsib) esitamise tähtaeg: 09. märts. Lisage uusi faile, ärge olemasolevat muutke!
- Ainetöö plaan (Teie arusaam, peegeldus) Ülesanne
  
  Tähtaeg: 23. märts kell 23:59. Soovitavalt laadida üles docx-failina, siis saan lisada omapoolseid kommentaare.
- Ainetöö täiendatud plaan Ülesanne
  
  Soovitavalt laadida üles docx-failina, siis saan lisada omapoolseid kommentaare.
Ainetöö
- Tulemuste esitlused Lehekülg
- Ainetöö aruanne (eelvariant, docx) Ülesanne
  
  Laadige siia üles ainetöö aruande esmane variant. Tähtaeg pühapäev, 11. mai 2025.
  Kui olete tulemuste töötlemiseks kasutanud Excelit, siis võite lisada ka vastava Exceli tabeli. Viimane ei asenda töös olevaid korrektselt vormistatud tulemuste tabeleid, vaid täiendab neid.
  Annan tagasiside hiljemalt 16. maiks.
- Ainetöö aruanne (pdf) Ülesanne
  
  Laadige siia üles ainetöö aruanne pdf-formaadis. Tähtaeg kolmapäev, 21. mai 2025. Võite lisadada ka Exceli tabeli ja muid asjassepuutuvaid faile.
  Ainetöö esitused toimuvad esmaspäeval, 19. mail algusega kell 12:00 SCI-057. Igal tudengil on 20 minutit. Esinemine salvestatakse. Salvestusi ei avalikustata, v.a. teistele grupi liikmetele.
Arhiiv (ei ole avalik)