Course: LKK0090 Arvutuskeemia (2026 kevad)

Course: LKK0090 Arvutuskeemia (2026 kevad) | Moodle

Open all

Close all
Instructions: Clicking on the section name will show / hide the section.

Üldinfo
- Select activity Aine kirjeldus, hindamine, jm
  
  Aine kirjeldus, hindamine, jm Page
- Select activity Ajakava (võib semestri vältel muutuda)
  
  Ajakava (võib semestri vältel muutuda) URL
- Select activity Õppejõu teadaanded
  
  Õppejõu teadaanded Forum
- Select activity Üldfoorum
  
  Üldfoorum Forum
  
  Üldfoorumis saab arutleda nii korralduslike kui sisuliste küsimuste üle.
- Select activity Teamsi ja Moodle võtmed
  
  Teamsi ja Moodle võtmed Page
Arvutiklassi ja kaugtöö juhendmaterjalid
- Select activity HPC arvutiklastri juhendid
  
  HPC arvutiklastri juhendid URL
- Select activity HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (juhend)
  
  HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (juhend) URL
- Select activity HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (otselink teenusele)
  
  HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (otselink teenusele) URL
- Select activity slurm'i sbatch käsu juhend - kirjeldab võimalikke parameetreid
  
  slurm'i sbatch käsu juhend - kirjeldab võimalikke parameetreid URL
- Select activity ICT maja arvutiklasside arvutite staatus
  
  ICT maja arvutiklasside arvutite staatus URL
- Select activity Väike juhend arvutiklassis toime tulekuks
  
  Väike juhend arvutiklassis toime tulekuks URL
- Select activity ICT maja arvutiklassi kaugtöö juhend (kui soovite kodus kõik ise üles seada). Võib olla kohati vananenud.
  
  ICT maja arvutiklassi kaugtöö juhend (kui soovite kodus kõik ise üles seada). Võib olla kohati vananenud. File
1. Sissejuhatus
- Select activity Slaidid: sissejuhatus
  
  Slaidid: sissejuhatus URL
2. Molekulaarmehaanika
- Select activity Loenguvideo (45 min, Youtube)
  
  Loenguvideo (45 min, Youtube) URL
- Select activity Video taustaslaidid
  
  Video taustaslaidid URL
- Select activity Test "Molekulaarmehaanika"
  
  Test "Molekulaarmehaanika" Quiz
3. Keemilise sideme katkemine kvantkeemias
- Select activity Loenguvideo (osa 1, 27 min)
  
  Loenguvideo (osa 1, 27 min) URL
- Select activity Loenguvideo (osa 2, 16 min)
  
  Loenguvideo (osa 2, 16 min) URL
- Select activity Loenguvideo (osa 3, 17 min)
  
  Loenguvideo (osa 3, 17 min) URL
- Select activity Loenguslaidid: sideme katkemine (kõik 3 osa ühes failis)
  
  Loenguslaidid: sideme katkemine (kõik 3 osa ühes failis) URL
- Select activity Test "Sideme katkemine"
  
  Test "Sideme katkemine" Quiz
- Select activity Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry (3rd ed) - E-book
  
  Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry (3rd ed) - E-book URL
  
  Ligipääs ülikooli sisevõrgust või ülikooli VPN'i kaudu.
4. Poolempiirilised meetodid
- Select activity Loenguvideo (1 h 01 min, Youtube)
  
  Loenguvideo (1 h 01 min, Youtube) URL
- Select activity Video taustaslaidid
  
  Video taustaslaidid URL
- Select activity Vanad slaidid (detailsem, aga ei kata kogu uue video materjali)
  
  Vanad slaidid (detailsem, aga ei kata kogu uue video materjali) URL
- Select activity Test "Poolempiirilised meetodid"
  
  Test "Poolempiirilised meetodid" Quiz
5. Lainefunktsiooni analüüs
- Select activity Loenguvideo (50 min, Youtube)
  
  Loenguvideo (50 min, Youtube) URL
- Select activity Lainefunktsiooni analüüs (loenguslaidid)
  
  Lainefunktsiooni analüüs (loenguslaidid) URL
- Select activity Test "Lainefunktsiooni analüüs"
  
  Test "Lainefunktsiooni analüüs" Quiz
6. Molekulide omadused
- Select activity Molekulide omadused
  
  Molekulide omadused URL
- Select activity Loenguvideo (38 min, Youtube)
  
  Loenguvideo (38 min, Youtube) URL
- Select activity Test "Molekulide omadused"
  
  Test "Molekulide omadused" Quiz
7. Molekulikogumite modelleerimine
- Select activity Loenguvideo I osa (37 min, Youtube)
  
  Loenguvideo I osa (37 min, Youtube) URL
- Select activity Loenguvideo II osa (32 min, Youtube)
  
  Loenguvideo II osa (32 min, Youtube) URL
- Select activity Molekulikogumite modelleerimine (loenguslaidid)
  
  Molekulikogumite modelleerimine (loenguslaidid) URL
- Select activity Test "Molekulikogumite modelleerimine"
  
  Test "Molekulikogumite modelleerimine" Quiz
Praktikum 1: Kaugtöö vahendid ja võtted
- Select activity Praktikumi 1 juhend
  
  Praktikumi 1 juhend URL
- Select activity Soovitatavad vahendid ssh protokolli kasutades eem...
  
  Lingid vahenditele, mida võib soovi ja vajaduse korral enda arvutisse laadida
  Aja kokkuhoiuks soovitan installeerida need enne esimest praktikumi!
- Select activity Putty: https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/
  
  Putty: https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ URL
  
  (Windows) Eemalolevasse arvutisse sisse logimiseks ssh protokolli vahendusel.
- Select activity Xming: https://sourceforge.net/projects/xming/
  
  Xming: https://sourceforge.net/projects/xming/ URL
  
  (Windows) Graafilise kujutise üle kandmiseks (vajab putty't).
- Select activity WinSCP: https://winscp.net/eng/download.php
  
  WinSCP: https://winscp.net/eng/download.php URL
  
  (Windows) Failide kopeerimiseks enda arvuti ja eemal oleva arvuti vahel.
  Jälgige, et vajutate õigele allalaadimise nupule, mitte mõnele paljudest reklaamidest sellel lehel, mis võivad installeerida Teie arvutisse suvalist kõrvalist tarkvara!
- Select activity XQuartz: https://www.xquartz.org
  
  XQuartz: https://www.xquartz.org URL
  
  (MacOS) Käsurida ja ssh klient on Apple MacOS arvutitel sisse ehitatud või kergesti installeeritavad. Ainult graafilise kujutise üle kandmiseks on vaja lisada Xqurtz.
- Select activity Täiendavad vahendid, mille olemasolu teeb kursusel...
  
  Täiendavad vahendid, mille olemasolu teeb kursusel osalemise mugavamaks ja lihtsamaks. Võite ka ise lisaks otsida erinevaid molekulide redigeerimise ja visualiseerimise vahendeid.
- Select activity Molden: https://www.theochem.ru.nl/molden/
  
  Molden: https://www.theochem.ru.nl/molden/ URL
  
  (Windows, MacOS, Linux)
- Select activity Avogadro: https://avogadro.cc/
  
  Avogadro: https://avogadro.cc/ URL
  
  (Windows, MacOS, Linux)
Praktikum 2: pöörlemine üksik- ja kaksiksideme ümber
Praktikum 3: aktiveeritud oleku leidmine
Praktikum 4-5: sideme katkemise ja reaktsioonitee modelleerimine
Ettepanek ainetööks
Kirjeldage oma senist teadustööd (tulevast lõputööd) või muud huvipakkuvat teemat, millega soovite ainetöö seostada. Juhul, kui Teil endal puudub idee, kuidas teemat arvutustega seostada, lisage juurde viiteid oma laboritöös kasutatavatele ainetele, meetoditele, jne, mis aitaksid õppejõul sobiva teema välja pakkuda.
- Select activity Koht ettepaneku üles laadimiseks
  
  Koht ettepaneku üles laadimiseks Assignment
  
  Esmase ettepaneku tähtaeg: 15. veebruar kell 23:59. Teksti võib kirjutada avanevasse lahtrisse või laadida üles failina (docx, odt, pdf). Soovi korral võib lisada täiendavaid faile (teadusartikkel, käsikiri, vmt) - kokku kuni 3 faili.
  Täiendava materjali (kui õppejõud seda küsib) esitamise tähtaeg: 08. märts. Lisage uusi faile, ärge olemasolevat muutke!
- Select activity Ainetöö plaan (Teie arusaam, peegeldus)
  
  Ainetöö plaan (Teie arusaam, peegeldus) Assignment
  
  Tähtaeg: 19. märts kell 23:59. Soovitavalt laadida üles docx-failina, siis saan lisada omapoolseid kommentaare.
- Select activity Ainetöö täiendatud plaan
  
  Ainetöö täiendatud plaan Assignment
  
  Soovitavalt laadida üles docx-failina, siis saan lisada omapoolseid kommentaare.
Ainetöö
Arhiiv (ei ole avalik)

Course: LKK0090 Arvutuskeemia (2026 kevad) | Moodle

Open all

Close all

Üldinfo

Arvutiklassi ja kaugtöö juhendmaterjalid

1. Sissejuhatus

2. Molekulaarmehaanika

3. Keemilise sideme katkemine kvantkeemias

4. Poolempiirilised meetodid

5. Lainefunktsiooni analüüs

6. Molekulide omadused

7. Molekulikogumite modelleerimine

Praktikum 1: Kaugtöö vahendid ja võtted

Lingid vahenditele, mida võib soovi ja vajaduse korral enda arvutisse laadida

Praktikum 2: pöörlemine üksik- ja kaksiksideme ümber

Praktikum 3: aktiveeritud oleku leidmine

Praktikum 4-5: sideme katkemise ja reaktsioonitee modelleerimine

Ettepanek ainetööks

Ainetöö

Arhiiv (ei ole avalik)