LKK0090 Arvutuskeemia (2026 kevad)

Kursus: LKK0090 Arvutuskeemia (2026 kevad) | Moodle

• 

  Ava kõik

  Close Open

  Sulge kõik

  Close Open
  
• 

  Juhised: jaotise nime klõpsates kuvatakse/peidetakse jaotis.

  

• Üldinfo

  Close Open

  • Vali tegevus Aine kirjeldus, hindamine, jm

    

    Aine kirjeldus, hindamine, jm Lehekülg
  • Vali tegevus Ajakava (võib semestri vältel muutuda)

    

    Ajakava (võib semestri vältel muutuda) URL
  • Vali tegevus Õppejõu teadaanded

    

    Õppejõu teadaanded Foorum
  • Vali tegevus Üldfoorum

    

    Üldfoorum

    Üldfoorumis saab arutleda nii  korralduslike kui sisuliste küsimuste üle.
    

  • Vali tegevus Teamsi ja Moodle võtmed

    

    Teamsi ja Moodle võtmed Lehekülg

• Arvutiklassi ja kaugtöö juhendmaterjalid

  Close Open

  • Vali tegevus HPC arvutiklastri juhendid

    

    HPC arvutiklastri juhendid URL
  • Vali tegevus HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (juhend)

    

    HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (juhend) URL
  • Vali tegevus HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (otselink teenusele)

    

    HPC OnDemand - klastri kasutamine veebibrauseri vahendusel (otselink teenusele) URL
  • Vali tegevus slurm'i sbatch käsu juhend - kirjeldab võimalikke parameetreid

    

    slurm'i sbatch käsu juhend - kirjeldab võimalikke parameetreid URL
  • Vali tegevus ICT maja arvutiklasside arvutite staatus

    

    ICT maja arvutiklasside arvutite staatus URL
  • Vali tegevus Väike juhend arvutiklassis toime tulekuks

    

    Väike juhend arvutiklassis toime tulekuks URL
  • Vali tegevus ICT maja arvutiklassi kaugtöö juhend (kui soovite kodus kõik ise üles seada). Võib olla kohati vananenud.

    

    ICT maja arvutiklassi kaugtöö juhend (kui soovite kodus kõik ise üles seada). Võib olla kohati vananenud. Fail

• 1. Sissejuhatus

  Close Open

  • Vali tegevus Slaidid: sissejuhatus

    

    Slaidid: sissejuhatus URL

• 2. Molekulaarmehaanika

  Close Open

  • Vali tegevus Loenguvideo (45 min, Youtube)

    

    Loenguvideo (45 min, Youtube) URL
  • Vali tegevus Video taustaslaidid

    

    Video taustaslaidid URL
  • Vali tegevus Test "Molekulaarmehaanika"

    

    Test "Molekulaarmehaanika"

• 3. Keemilise sideme katkemine kvantkeemias

  Close Open

  • Vali tegevus Loenguvideo (osa 1, 27 min)

    

    Loenguvideo (osa 1, 27 min) URL
  • Vali tegevus Loenguvideo (osa 2, 16 min)

    

    Loenguvideo (osa 2, 16 min) URL
  • Vali tegevus Loenguvideo (osa 3, 17 min)

    

    Loenguvideo (osa 3, 17 min) URL
  • Vali tegevus Loenguslaidid: sideme katkemine (kõik 3 osa ühes failis)

    

    Loenguslaidid: sideme katkemine (kõik 3 osa ühes failis) URL
  • Vali tegevus Test "Sideme katkemine"

    

    Test "Sideme katkemine"
  • Vali tegevus Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry (3rd ed) - E-book

    

    Frank Jensen: Introduction to Computational Chemistry (3rd ed) - E-book URL

    Ligipääs ülikooli sisevõrgust või ülikooli VPN'i kaudu.
    

• 4. Poolempiirilised meetodid

  Close Open

  • Vali tegevus Loenguvideo (1 h 01 min, Youtube)

    

    Loenguvideo (1 h 01 min, Youtube) URL
  • Vali tegevus Video taustaslaidid

    

    Video taustaslaidid URL
  • Vali tegevus Vanad slaidid (detailsem, aga ei kata kogu uue video materjali)

    

    Vanad slaidid (detailsem, aga ei kata kogu uue video materjali) URL
  • Vali tegevus Test "Poolempiirilised meetodid"

    

    Test "Poolempiirilised meetodid"

• 5. Lainefunktsiooni analüüs

  Close Open

  • Vali tegevus Loenguvideo (50 min, Youtube)

    

    Loenguvideo (50 min, Youtube) URL
  • Vali tegevus Lainefunktsiooni analüüs (loenguslaidid)

    

    Lainefunktsiooni analüüs (loenguslaidid) URL
  • Vali tegevus Test "Lainefunktsiooni analüüs"

    

    Test "Lainefunktsiooni analüüs"

• 6. Molekulide omadused

  Close Open

  • Vali tegevus Molekulide omadused

    

    Molekulide omadused URL
  • Vali tegevus Loenguvideo (38 min, Youtube)

    

    Loenguvideo (38 min, Youtube) URL
  • Vali tegevus Test "Molekulide omadused"

    

    Test "Molekulide omadused"

• 7. Molekulikogumite modelleerimine

  Close Open

  • Vali tegevus Loenguvideo I osa (37 min, Youtube)

    

    Loenguvideo I osa (37 min, Youtube) URL
  • Vali tegevus Loenguvideo II osa (32 min, Youtube)

    

    Loenguvideo II osa (32 min, Youtube) URL
  • Vali tegevus Molekulikogumite modelleerimine (loenguslaidid)

    

    Molekulikogumite modelleerimine (loenguslaidid) URL
  • Vali tegevus Test "Molekulikogumite modelleerimine"

    

    Test "Molekulikogumite modelleerimine"

• Praktikum 1: Kaugtöö vahendid ja võtted

  Close Open

  • Vali tegevus Praktikumi 1 juhend

    

    Praktikumi 1 juhend URL
  • Vali tegevus Soovitatavad vahendid ssh protokolli kasutades eem...

    Lingid vahenditele, mida võib soovi ja vajaduse korral enda arvutisse laadida

    Aja kokkuhoiuks soovitan installeerida need enne esimest praktikumi!

  • Vali tegevus Putty: https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/

    

    Putty: https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ URL

    (Windows) Eemalolevasse arvutisse sisse logimiseks ssh protokolli vahendusel.

  • Vali tegevus Xming: https://sourceforge.net/projects/xming/

    

    Xming: https://sourceforge.net/projects/xming/ URL

    (Windows) Graafilise kujutise üle kandmiseks (vajab putty't).

  • Vali tegevus WinSCP: https://winscp.net/eng/download.php

    

    WinSCP: https://winscp.net/eng/download.php URL

    (Windows) Failide kopeerimiseks enda arvuti ja eemal oleva arvuti vahel.

    Jälgige, et vajutate õigele allalaadimise nupule, mitte mõnele paljudest reklaamidest sellel lehel, mis võivad installeerida Teie arvutisse suvalist kõrvalist tarkvara!

  • Vali tegevus XQuartz: https://www.xquartz.org

    

    XQuartz: https://www.xquartz.org URL

    (MacOS) Käsurida ja ssh klient on Apple MacOS arvutitel sisse ehitatud või kergesti installeeritavad. Ainult graafilise kujutise üle kandmiseks on vaja lisada Xqurtz.

  • Vali tegevus Täiendavad vahendid, mille olemasolu teeb kursusel...

    Täiendavad vahendid, mille olemasolu teeb kursusel osalemise mugavamaks ja lihtsamaks. Võite ka ise lisaks otsida erinevaid molekulide redigeerimise ja visualiseerimise vahendeid.

  • Vali tegevus Molden: https://www.theochem.ru.nl/molden/

    

    Molden: https://www.theochem.ru.nl/molden/ URL

    (Windows, MacOS, Linux)
    

  • Vali tegevus Avogadro: https://avogadro.cc/

    

    Avogadro: https://avogadro.cc/ URL

    (Windows, MacOS, Linux)

• Praktikum 2: pöörlemine üksik- ja kaksiksideme ümber

• Praktikum 3: aktiveeritud oleku leidmine

• Praktikum 4-5: sideme katkemise ja reaktsioonitee modelleerimine

• Ettepanek ainetööks

  Close Open

  Kirjeldage oma senist teadustööd (tulevast lõputööd) või muud huvipakkuvat teemat, millega soovite ainetöö seostada. Juhul, kui Teil endal puudub idee, kuidas teemat arvutustega seostada, lisage juurde viiteid oma laboritöös kasutatavatele ainetele, meetoditele, jne, mis aitaksid õppejõul sobiva teema välja pakkuda.
  

  • Vali tegevus Koht ettepaneku üles laadimiseks

    

    Koht ettepaneku üles laadimiseks Ülesanne

    Esmase ettepaneku tähtaeg: 15. veebruar kell 23:59. Teksti võib kirjutada avanevasse lahtrisse või laadida üles failina (docx, odt, pdf). Soovi korral võib lisada täiendavaid faile (teadusartikkel, käsikiri, vmt) - kokku kuni 3 faili.

    Täiendava materjali (kui õppejõud seda küsib) esitamise tähtaeg: 08. märts. Lisage uusi faile, ärge olemasolevat muutke!
    

  • Vali tegevus Ainetöö plaan (Teie arusaam, peegeldus)

    

    Ainetöö plaan (Teie arusaam, peegeldus) Ülesanne

    Tähtaeg: 19. märts kell 23:59. Soovitavalt laadida üles docx-failina, siis saan lisada omapoolseid kommentaare.
    

  • Vali tegevus Ainetöö täiendatud plaan

    

    Ainetöö täiendatud plaan Ülesanne

    Soovitavalt laadida üles docx-failina, siis saan lisada omapoolseid kommentaare.
    

• Ainetöö

• Arhiiv (ei ole avalik)